تشكلت بداية ظاهرة الحركات الجهادية العنفية الصومالية منها وغيرالصومالية في إطار التفاعلات الأيد يو لوجية والفكرية والتنطيمية للجماعات والحركات الجهادية العالمية في أفغانستان في الثما نينيات القرن الماضي، والتي نجحت في تجميع واستقطاب المتطوعين من جميع أنحاء العالم بسبب الدعم السياسي والمالي والإعلامي الدي وفرته بعض الدول الغربية والإسلامية أنداك، فقد طهر في الساحة الأفغانية ما كان يعرف بطاهرة( الأفغان العرب وأفغان القرن الأفريقي) الذين شاركوا في المقاومة الأفغانية ضد الا حتلال السو فييتي، وشكل هولآء مصدر إلهام لجميع التيارات الإسلامية العنيفة منها والمعتدلة لإحياء الفريضة الدينية الغائبة (الجهاد)في أفغانستان.
ومما لا شك فيه أن منابع الفكر الجهادي العنفي تنطلق جذورها من اجتهادات وتفسيرات سيد قطب وغيره من أعلام الفكر الإسلامي الإحيائي، إلا أن جماعات العنف في العالم الإسلامي طوّرت رؤيتها عبر إعادة انتاج واستكشاف وقراءة نصوص(سيدقطب) في بعض إنجازاته الفكرية، وتو ظيفها السياسي والعسكري، وذلك لتوريد فلسفة تبرر مما رسة العنف المسلح ضد النطم والمجتمعات الإسلامية وغير الإسلامية().
ويعود اهتمام القاعدة بالقرن الإفريقي إلى مطلع التسعينيات من القرن العشرين بعد انتهاء الجهاد الأفغاني ضد السوفيت ورحيل أسامة بن لادن والظواهري إلى السودان، و لكن الاهتمام الحقيقي للقاعدة في الصومال يرجع إلى فترة إقامة أسامة بن لادن في السودان، بعد مغادرته للمملكة العربية السعودية على خلفية الأزمة السياسية التي شهدتها المملكة حينها، والتي لبن لادن رأيُ آخر فيها يخالف رأي السلطات السعودية، بخصوص القوات العسكرية التي تم استقدامها لتحرير الكويت، وحماية المملكة من العراق، وقد أقام أسامة في السودان، مند بداية التسعينات حتى منتصفها من القرن الماضي.
وبذلك وجد تنطيم القاعدة في الصومال بيئة مساعدة له على الا نتشار هنالك؛ بسبب جغرافية المنطقة وموقعها الاستراتيجي بين دول القرن الأ فريقي، وانهيار حكومته المركزية، الأمر الذي ساعد عناصرالتنطيم على التحرك بسهولة في الصومال.